另外，可能有一些未知的原因，为什么一组基因必须保持在一起。一个著名的例子是Hox基因，它决定了动物胚胎的哪一端形成头部，哪一端形成尾部，以及两者之间的所有分级。在大多数无脊椎动物中，这些基因都聚集在一条染色体上，这种聚集对它们在发育过程中的部署很重要。然而，这些基因的功能集群可能是一个例外，目前还没有证据表明最近的研究中发现的集群在功能上有关联，Rokhsar说。

染色体的简单保存止于无脊椎动物，因为在脊椎动物进化的早期，整个基因组在导致有颌脊椎动物的世系中被复制了两次，这个群体包括哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物和大多数鱼类。在这些大规模复制的过程中，一系列的染色体重组形成了最早的有颌脊椎动物的基因组，最终产生了人类。然而，通过追踪最早的脊椎动物进化过程中从一个染色体转移到另一个染色体的基因组，Rokhsar和合作者能够跨越脊椎动物和反脊椎动物的鸿沟，将最早的动物染色体与当代脊椎动物的染色体连接起来。

“其中一件很酷的事情是，一旦我们推断出这些古老的原染色体并在生命树上组织它们，那么我们就可以进行预测。”他说：“如果你去对其他一些基因组进行测序，我们预测你将不可避免地发现这些基因在同一染色体上混在一起。与物理学或化学不同，你通常不能在生物学中进行这种预测。但是现在，从某种意义上说，我们从这种比较中知道了一些关于几乎所有动物基因组的情况。”

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